Nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ là thế mạnh của Viện.
Hiện nay Viện đang tập trung nghiên cứu và chuyển giao công nghệ trong 8 nhóm lĩnh vực chính:
1. Cải tiến ngư cụ nhằm nâng cao hiệu quả đánh bắt và bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
2. Bảo quản sản phẩm sau khai thác nhằm nâng cao chất lượng sản phẩm và đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm trên các tàu đánh bắt thủy sản.
3. Nghiên cứu đảm bảo an toàn cho người và phương tiện khai thác thủy sản nhằm hỗ trợ ngư dân đảm bảo an toàn trong mùa mưa bão, trong khai thác và hướng dẫn tránh trú bão.
4. Quy hoạch nghề cá nhằm cơ cấu lại tàu thuyền và cơ cấu nghề hợp lý cho các vùng biển.
5. Bảo vệ nguồn lợi thủy sản và phục hồi hệ các hệ sinh thái biển bằng các giải pháp kỷ thuật
6. Nghiên cứu ứng dụng công nghệ mới trong khai thác thủy sản như ứng dụng hệ thống GIS và RS trong dự báo dự trường, GIS trong quản lý tàu cá
7. Nâng cao chất lượng nguồn nhân lực nghề cá.
8. Đánh giá tác động của biến đổi khí hậu đến nghề khai thác thủy sản.